Các phòng ( Trung tâm) nghiên cứu khoa học:
1.Phòng Nghiên cứu Tổng hợp về Trung Quốc
2.Phòng Nghiên cứu Văn hóa- Lịch sử Trung Quốc
3.Phòng Nghiên cứu Chính trị - Trung Quốc
4.Phòng Nghiên cứu Kinh tế Trung Quốc
5.Phòng Nghiên cứu Xã hội Trung Quốc
6.Phòng Nghiên cứu Quan hệ đối ngoại Trung Quốc
7.Phòng Nghiên cứu Quan hệ Việt Nam – Trung Quốc
8.Trung tâm Nghiên cứu Đài Loan
Các phòng phục vụ nghiên cứu
1. Thư viện. ( Library)
Các phòng giúp việc Viện trưởng
1. Phòng Hành chính – Tổng hợp
2. Phòng Quản lý khoa học và Đào tạo
Căn cứ vào tình hình cụ thể, Viện có thể thành lập các nhóm đề tài nghiên cứu nhằm tập hợp các chuyên gia trong và ngoài Viện tham gia; thành lập bộ phận tư vấn và dịch vụ theo quy định của pháp luật